黄连质坚实而硬，缪希雍称：“黄连根黄、花黄、实黄，皆具土色，四月开花，六月结实，七月根紧，适逢太阴湿土、阳明燥金主令时，宜乎为入脾胃之药矣。”历代医家多有阐发黄连具“厚肠”之功。如陶弘景《名医别录》言：“（黄连）调胃厚肠、益胆”；《药性赋》言：“黄连治冷热之痢，又厚肠胃而止泻”；汪昂《本草备要》言：“黄连益肝胆、厚肠胃”。何以厚肠胃？李东垣认为肠胃为湿热所扰，为痢为痛，得此苦寒之剂，则湿热去而痛止，肠胃自厚矣。黄连在临床中有以下配伍。
①羊肝一具，黄连一两，捣丸，凡是目疾皆治，名羊肝丸。②治赤眼，以黄连5克，投适量人乳中，浸泡30分钟后，乳汁点眼，每日数次。③张锡纯外用黄连治目疾：睛胀疼者，俾用黄连淬水，乘温屡用棉花点眼，至咽中觉苦乃止，则胀疼立可见轻。④宿食不消、心下痞满者，须用黄连、枳实。⑤妇人阴中肿痛，为湿热在下之病，黄连除湿热，所以主之。⑥左金丸为治胁痛之方，而治厥阴腹痛亦具极效，以黄连、吴茱萸用量比例为六比一，取其辛开苦降、打开结节、通则不痛之意。⑦王士雄在《四科简要方·安神篇》中说：“生川连五钱，肉桂心五分，研细，白蜜丸，空心淡盐汤下，治心肾不交，怔忡无寐，名交泰丸。”人有昼夜不能安寐者，心甚烦躁，此心肾不交也。盖黄连入心，肉桂入肾，此二物相伍同行，则心肾交于俄顷而眠至矣。
黄连苦寒，味厚擅降，专入心经，兼入肠、胃、脾经，功效为清热燥湿、泻火解毒，尤善清湿热阻滞导致的中焦胃气不降、脘腹痞满、恶心呕吐，故张仲景的诸泻心汤，即半夏泻心汤、生姜泻心汤、甘草泻心汤、大黄黄连泻心汤、附子泻心汤，皆可主治痞证，黄连为其中必不可少的中药。黄连清热泻火解毒力甚强，尤以泻心经实火见长，如伍黄芩、黄柏、栀子所成的黄连解毒汤，用于一切实热火证，如烦躁、错语不眠、湿热黄疸，以及外科痈疡疔毒等；次如治舌红、脉快、下利色黄秽臭或状如果冻、肛门灼热感的葛根芩连汤，黄连功效为清热燥湿、厚肠止利。
张仲景运用黄连的方剂共有：黄连阿胶汤、泻心汤，治心也；五泻心汤、黄连汤、干姜黄连黄芩人参汤，治胃也；黄连粉，治脾也；乌梅丸，治肝也；白头翁汤、葛根黄芩黄连汤，治肠也。
张元素指出黄连的功效有六：泻心脏火，一也；去中焦湿热，二也；诸疮必用，三也；去风湿，四也；赤眼暴发，五也；止中部见血，六也。
